Toda su obra se ha transmitido a través de manuscritos que no vieron la imprenta por deseo expreso de la autora. Los cuatro grandes tratados místicos que editamos constituyen el grueso de su obra. Fueron escritos por orden de sus confesores convencidos de las capacidades intelectuales y literarias de la santa. El libro de la vida es una especie de confesión general sobre los hechos de su vida, que selecciona hábilmente para mostrar su humildad y su condición de pecadora y que intercala con el relato del ambiente espiritual y conventual que la rodeaba. De valor histórico y biográfico comparable es El libro de las fundaciones. Esta crónica permite conocer a la santa de una manera más directa y narra con estilo ameno las peripecias que rodearon las fundaciones realizadas después de la de Ávila. Los mismos confesores le encargan un tratado de vida interior, Camino de perfección, en el que destaca su valentía al criticar la condición de la mujer en su época. Ya delicada de salud cumple con un último encargo y escribe su última obra, Moradas del castillo interior, en la que describe las tres vías místicas en el camino del alma a través de las moradas.
